妻を社長にして融資の申請を出しても大丈夫ですか？

奥様が事業に実際に参画する場合であれば、奥様を社長にして融資の申請をすることは可能です。
ただ、実際に奥様が事業に参画しないのであれば、奥様を社長にして融資の申請をすることは避けた方が良いかと思います。